Speaker A
Так, ну что, добрый день, снова сбрасываю это веретено. Значит, сегодня мы продолжим обсуждать репликацию. Вот там достаточно много всякого интересного.
Лекция МФТИ по молекулярной биологии: механизм репликации ДНК, репликативная вилка, фрагменты Оказаки, праймазы, ДНК-полимеразы и инициация репликации.
Key Takeaways
- Репликация ДНК осуществляется реплисомой, в которой ведущая и отстающая цепи синтезируются асимметрично
- Фрагменты Оказаки формируются за счет периодического синтеза праймеров праймазой
- Инициация репликации зависит от особых последовательностей origin и белка DnaA
- ДНК-полимеразы помимо репликации участвуют в репарации и синтезе через повреждения
What the video covers
- Продолжение обсуждения репликации ДНК у прокариот
- Состав репликативной вилки: ДНК-полимераза III, праймаза, хеликаза, SSB-белки
- Синтез ведущей цепи непрерывно, отстающей цепи — фрагментами Оказаки
- Роль комплекса загрузки скользящего зажима и бета-субъединиц
- Взаимодействие праймазы с хеликазой и частота синтеза праймеров
- Инициация репликации: точка origin, связывание белка DnaA, локальное расплетание ДНК
- Общие сведения о ДНК-полимеразах как трансферазах, синтез от 5' к 3'
- Историческая справка о первых работах по синтезу ДНК (Корнберг)
- Упоминание ДНК-полимеразы I, репарации и синтеза через повреждения
- Обсуждение скорости синтеза (~500 нуклеотидов/с) и регуляции SOS-ответа (репрессор LexA)
Full Transcript — Download SRT & Markdown
Speaker A
есть ряд ферментов которые собираются так называемую рипли сумму и это ребре сама осуществляет процессе на но противный синтез днк противный синтез днк вот набор ферментов назвал следующие значит мы разобрались с вами что есть или козы вот с одной из них мы
Speaker A
И в прошлый раз, я напомню, что мы рассмотрели, как в целом происходит процесс, да, без особых подробностей, и мы узнали о том, что у нас
Speaker A
есть ряд ферментов, которые собираются, так называемую репликативную вилку. И это реплисома осуществляет процесс репликации, но противоположный синтез ДНК, противоположный синтез ДНК. Вот набор ферментов, назовём следующие. Значит, мы разобрались с вами, что есть праймазы, вот с одной из них мы
Speaker A
познакомились: белок DnaG, который едет по отстающей цепи и образует вторую цепочку. Да, значит, кроме того, здесь же, в комплексе, у нас есть так называемая ДНК-полимераза III, ядро. Да, мы пока сами разбираем только прокариотическую репликативную вилку,
Speaker A
поэтому, а значит, у нее есть, соответственно, комплекс загрузки зажима, скользящего, да. Он может выбрать, какие бета-субъединицы, которые состоят из двух половинок, нет, размыкать, и, значит, он их умеет устанавливать на праймеры, до, которые синтезированы праймазой. Вот, и через этот комплекс загрузки
Speaker A
зажима у нас объединяются вместе три кофермента, которые работают в этой репликативной вилке. То есть исходно у нас здесь, значит, на ведущей цепи у нас один кофермент, который связан со своим скользящим зажимом, и движется он по направлению к той
Speaker A
стороне, куда происходит расплетание, и синтезирует цепочку от 5' к 3' концу. Да, а отстающая цепь у нас образует вот такую вот, да, петлю, для того чтобы создать, нет, я определенный фронт работы для ДНК-полимеразы, да, и
Speaker A
для того, чтобы она могла удлиняться в другую сторону, то есть в обратном направлении. И так как она видит в обратную сторону, то вот тут эти петли, и она только растёт по мере того, как хеликаза продвигается вперед. Для
Speaker A
этого на нити ДНК, указанных, связаны избыточным, так называемым single-stranded binding protein, вот, протеины, которые оплетают и не дают им взаимодействовать с какими-то другими однонитевыми участками, которые здесь присутствуют в репликативной вилке. Вот, ну и соответственно у нас
Speaker A
здесь вот идет синтез фрагментов Оказаки, на вершине, да, и пришли к концу, его удлиняется, и вот сейчас ДНК-полимераза, вот это замечательно, скоро она синтезирует, но здесь у нас в это время происходит синтез праймера. Про праймазу у
Speaker A
нас работает в комплексе с хеликазой, и мы говорили на прошлой лекции о том, что праймаза взаимодействует с хеликазой, но это взаимодействие, скажем так, оно не постоянное. То есть комплекс постоянно не образуется. После взаимодействия, на старте, праймаза синтезирует праймер, и потом она у нас
Speaker A
будет покидать репликативную вилку на некоторое время, до порядка, где-то полутора-двух секунд, и это мне будет за это время у нас хеликаза идем к полимеразе, стоит примерно где-то на тысяче оснований, для тебя перепродаваться. Синтез идёт со скоростью примерно 500 нуклеотидов в секунду, но вот за две минуты они как раз трейдятся. То есть, чем чаще праймаза будет прилипать к хеликазе, тем чаще у нас будет происходить инициация синтеза праймеров, и тем чаще они будут расположены, тем короче
Speaker A
будут фрагменты Оказаки. Вот, соответственно, дальше у нас происходит следующая вещь: да, этот праймер синтезирован, и этот праймер у нас захватывается вот этим комплексом загрузки скользящего зажима, и на него устанавливается скользящий зажим. Давай в это время праймаза у нас отделяется, и
Speaker A
она некоторое время, пока у нас в этом комплексе, недоступна. Да, вот, и дальше, соответственно, что у нас происходит дальше: после того, как зажим установлен, был он передан вот этому третьему кофактору, который здесь пока висел, отдыхал, ничего не делал, и
Speaker A
начинается синтез следующего фрагмента Оказаки. Предыдущий не до синтезирован, пока да. Вот, ну и когда это синтезирован, то здесь ДНК-полимераза теряет связь со скользящим зажимом, и теперь у нас синтезируется, она опять пустая, да, она отдыхает, а это продолжает судьбу
Speaker A
следующего фрагмента Оказаки. Потом ситуацию повторяет всё также. Мы разобрали общий план того, как у нас происходит инициация репликации. Мы поговорили о том, что у нас в ДНК должна быть особая последовательность, это репликатор, и унесли его, конденсатор,
Speaker A
который обеспечивает протеолиз, первичное расплетание ДНК в этой области. Значит, обычно вот эти места, где происходят инициации репликации, это особые места, по-английски они называются origin репликации. Они состоят из ряда повторов, которые связывают этот конденсаторный белок, и они обычно, вокруг, обозначенный зелёным, синим, обозначены те участки ДНК, которые содержат богатую АТ-последовательность. В результате связывания инициатор-нова белка здесь возникают некие взаимодействия, сшивки, торсии ДНК, и вот здесь происходит плавление, расходятся цепочки ДНК. То есть, когда
Speaker A
у нас с вами вот этот белок, в нашем случае, ошибки, порта называться DnaA, в других бактериях может называться по-другому. Соответственно, он связывается, это, как считается, там есть несколько путей, мне про это тоже поговорим подробнее. Скажем, когда в учебниках вы можете найти, что там происходит с пермиссивацией, за счёт того, что этот белок в большом количестве
Speaker A
упаковывает ДНК, как бы на свою поверхность. В результате он даёт, как здесь сверху, итог, а здесь возникают
Speaker A
у нас топологическое напряжение, которое как раз приводит к делению двух цепочек ДНК. То есть он как бы за счёт сверхспирализации расплавляет ДНК, и здесь связываются у нас хеликазы, которые приходят вместе с загрузчиком зажима, и они начинают работать. Да, хеликазы работают в разные
Speaker A
стороны. Мы говорили до этого, что они как бы все в одну сторону бегут, просто вилки, эти цепи параллельны, поэтому они едут в разные стороны. Вообще да, хеликаза, как мы выяснили вчера, на сигнале, например, работает с 5'-концом, и
Speaker A
соответственно это едет сюда, едет в эту сторону. Они связывают праймеры, образуют впоследствии праймеры, это будут промоторы для ведущей цепи. Обратите внимание, что праймер для отстающей цепи, то есть вот для этой цепочки, он синтезируется праймазой в противоположном направлении реплицирующейся вилки, да, и наоборот. Да, праймер для вот этой цепи, вот сюда убираться, борт, он синтезируется в праймазе. Здесь потом устанавливается скользящий зажим, загрузочные комплексы подводятся сюда, входят ферменты, начинается синтез. То есть вот
Speaker A
эта цепь на станции, легирующая, это отстающая, да. Это ведущая, это отстающая. То есть вот так: половинка один, праймер, я, что он был синтезирован, и что-то, ты вот-вот, но стал праймером для вот этой будем, соответственно, дальше происходит удлинение. Но все, что мы говорили,
Speaker A
теперь мы более подробно разберёмся со структурой ДНК-полимераз, поговорим про особенности организации очень важных ферментов, и в общем-то знания про них, не скажем так, важны в нашем курсе. Вот, ДНК-полимераза — это фермент, который синтезирует дочерние цепи в направлении от 5' к 3' концу. Да, если кто не знает, ДНК-полимераза относится к классу трансфераз, есть фермент, который переносит нуклеофильные остатки на 3'-гидроксильную группу праймера, и они могут участвовать в разных
Speaker A
процессах, в частности у нас будет интересовать с вами процесс репликации, репарации. В этом курсе, но, как мы увидим дальше, они ещё много где могут участвовать. Вот, им, его, применять термин «ДНК-полимераза» тоже часто, это некий частный случай, то есть одна из ДНК-полимераз, которая занимается именно репликацией, специализированная. Значит, первые процессы репликации были произведены достаточно давно, практически сразу же после открытия структуры ДНК, в пятидесятых годах, то есть в пятьдесят пятом, по-моему, в пятьдесят четвёртом и пятьдесят пятом. Эти работы Артура Корнберга проводил, их супруга из своих биохимиков. Вот, и он впервые вывел
Speaker A
фермент, который отвечает за синтез ДНК. Оказалось, что это была ДНК-полимераза I из эшерихий коли, и соответственно получается, что он первый её охарактеризовал. Вот, он показал, что для репликации необходимы ДНК-матрица, собственно полимераза и собственно дезоксинуклеозидтрифосфаты, и предположил, что
Speaker A
требуется для работы фермент также еще и затравка. Вот, и показал, что синтез ДНК имеет матричную природу, то есть в результате образуются молекулы с таким же составом оснований, как и исходная.
Speaker A
первая процесс репликации были произведены достаточно давно практически сразу же после открытия структуры днк на в пятидесятых годах то есть пятьдесят пятом по моему 54 и 55 эти работы его to turn me or under проводил их супа из своих биохимиков вот и он впервые вывел
Speaker A
фермент который опечатка синтез днк оказалось что это было днк полимераза один из эшерихий коля и соответственно получается что он первый то ее охарактеризовал вот он показал что для репликации необходимо днк собственно полимераза и и собственно полезет трифосфат и и предположил что
Speaker A
требуется для работы фермент также еще и заправка вот и показал что синтез днк имеет матричную природа то есть в результате образуются молекулы с таким же составом оперативным да как и исходная молекула вот значит мы уже кратко обсудили да как
Speaker A
работает днк фага ми разве что у них есть два субстрата это матрица с праймером которые позже на этой матрицы для большинства венгров полимера с которые участвуют в репликации критическим является то что последний нуклеотид этого параметра должен к примет порно взаимодействует смотрите но
Speaker A
как мы увидим дальше есть и такие которые это неважно они могут брать любые общем-то праймеры даже если здесь нет комплементарности для последнего нуклеотида это и вполне устроить такие днк полями раза правда репликации не занимаются не занимаются репарации и так называемым синтезом
Speaker A
сквозь повреждений про них мы отдельно подробно поговорим начаты 2 субстрат это у нас нуклеозидтрифосфатов без собственно грозить трифосфат и и соответственно реакцию тоже мы обсуждали это присоединение у нас по альфа фосфат у вас группа а кислород в этой ваш
Speaker A
группе осуществляют нуклеофильную атаку да то есть происходит реакция sn2 нуклеофильного замещения и соответственно у нас выделяется пирофосфат который в дальнейшем гидролизуется пирофосфаты как мы говорили да это имеет ключевое значение потому что на самом деле в клетках равновесие пытается сместится в сторону
Speaker A
мне синтеза днк а именно распада поединка пальмира зубы в этом случае работали как ферменты разрушающая днк но первых охватывающего утилизироваться за счет этого выделяется дополнительная энергия да и дельта же становится уже равносильно килокалорий на море достаточно неплохо -7 да и плюс один из реагентов выводится
Speaker A
и в прошлый раз мы с вами рассмотрели как устроен активный центр и мы говорили что основная организация киноцентр днк полями раза заключается в том что днк полимераза образуют такой плотный как бы скажу как активный центр которые могут помещаться и
Speaker A
правильно присоединяться только те пары которые организованность согласно принципам о центре перского взаимодействия дало смотри какого принципа комплементарности то есть по сути дела получается что активный ценных контролируют форму днк это б форма днк да и соответственно любые отклонения если у
Speaker A
вас например не комплементарный какой-то на препятствие это не приводит к тому что он взаимодействует с активным центром неправильно и те группы которые должны частых катализа находятся в неправильном положении и катались здесь а происходит гораздо меньшей эффективностью мы говорили что такие
Speaker A
нуклеотиды примерно где-то на 5 порядков медленнее присоединяются но все же присоединяются то есть если подождать очень долго возможно udobot включён вот и мы говорили про универсальную структуру которых такого центра что он содержит два иона магния для того чтобы
Speaker A
присоединять эти субстраты и он и магнит выступают в роли координаторов активного центра и удерживаются днк полимеразы за счет консервативных остатков аспартат а вот эти ионы магния координируют соответственно ваш группу до праймера которого часто в атаке и фосфатные остатки входящего нуклеотида
Speaker A
то есть вот тут есть более подробная схема скажем так трехмерная до того как это выглядит в пространстве президента полимеразы прокариот архи эукариот используют один и тот же механизм и копали за это 2 металлический и умный механизм здесь два иона нам игоря о том что это
Speaker A
могут быть либо магний либо в некоторых случаях происходит замена и включается например марганец на который достаточно похож но все-таки отличается и считается что включение марганца приводит потому что нарушается эффективность катализа нарушается точность работы днк полями раза начинает хуже включать
Speaker A
нуклеотиды снижается как бы возникает больше ошибок при работе вот и мы увидим в дальнейшем днк полимеразу правда она очень специализированная да это днк полимераза которые заниматься синтезом праймеров вот у нее в активном центре находятся ионы магния так называемом прям пол вот
Speaker A
а вообще механизм вот такого духовного катализа да он характерен для очень многих процессов с которыми он сталкивается в этом курсе мы с вами сейчас разбираем вот этот это присоединение у нас сквозь группе нуклеотида входящего ной также абсолютно работает например ферменты которые
Speaker A
отвечают за расщепление днк различные да то есть это разного рода рестриктор сюда например эндонуклеазы всяческие кроме того например при так называемом спасен ги да когда у вас происходит разрезание от выреза нейтроны сшивание газонов да там используется так называемый нуклеотид находящийся в сайте
Speaker A
ветвления у него есть вот ваш группа во втором положении которое атакует 5 штрих стать сплайсинга мы будем подробнее говорить это уже наверно в следующем семестре об этом вот и в результате у нас включаться этот нуклеотид на 54 конец до
Speaker A
вот это например сам спонсирующий трон и первой группы так работают они вот этот нуклеотид было не мила включают таким образом получаться включается а entrum разрывались а наш с вами сплайсинг ядерной и [музыка] s'posing 2 типа самос closing 2 типа они похожи очень да
Speaker A
он использует вашу группу например сообщения также кроме того такой же как бы механизм катализа его других реакций таких например как транспозиция то есть когда у вас мобильные генетические элементы включаются в днк там тоже происходит реакция а так и ваш группой по слаб на
Speaker A
остатками механизм тот же сама ну и так далее то есть в принципе это некий это намекает на то что это некие очень древний механизм катализа которые видимо просто использоваться теперь везде читать чего зависит точность днк полимеров то есть
Speaker A
основная задача вообще на самом деле производить точную репликацию до совершать как можно меньше ошибок особенно это касается днк полимера с которой именно являются рипли кратными да вот и мы с вами уже первично поговорили о том что есть днк по
Speaker A
генерации так называемая корректирующая активность нового сейчас мы это все более глубоко и комплексно рассмотрим значит первое что у нас отвечает за точность это связывание входящего нуклеотида в активном центре большинство днк полями раз мы с вами говорили они имеют в общем то достаточно
Speaker A
консервативную структуру мы говорили что это структура так называемой правой руки до кисти правой руки то есть у вас есть домен в ладони да вот тут вот он приведен видим значит вот этого синего участка до домен пальца и домен
Speaker A
как бы большого пальца и пальцев и днк дуплекс лежит на днк рнк дуплекс да пусть эта днк этой рамкой а часть рынка вы крамером лежит на поверхности активного центра который на ладони расположен и вот эти вот днк полимеразы для того
Speaker A
чтобы контролировать включение нуклеотида они используют один очень консервативны механизмом называются так называемый механизм сжатие руки даты все все у нас есть зафиксирован до какой-то праймер то входящий нуклеотид после того как он взошел для того чтобы проверить комплементарность для того чтобы
Speaker A
обеспечить и у быстрое включение днк поля мира заменяют информацию и возьму как информации за сжатые руки закрывается и как раз за такое сжимание в основном у нас будут величать участке находящиеся в домене пальцев до в домене пальцев есть так называемое а
Speaker A
спираль она консервативное во многие днк полями раз встречается вот о спираль это и что она делает то есть когда у вас ходящий нуклеотид попадают в активный центр да и координировать на ионов здесь активного центра ионов магния да и образуют
Speaker A
комплиментарно взаимодействия это о спирали его фиксирует водки нам центре и окон и положение пространство единиц на 40 градусов и плюс аминокислотные остатки из этого спирали они взаимодействуют как с фосфатными остатками видите то есть они проверяют как бы правильное положение этих дат так и
Speaker A
стекинг взаимодействий происходит тирозина с плоскостью входящего она азотистого основания входящего нуклеофиле вот эти взаимодействия значит не выполняться до тех пор пока правильно для кит не войдет и не свяжется да и в результате у вас фермент как бы свой активный центр
Speaker A
индуцированное подгоняет от субстраты как бы именно за счет этого формироваться такой плотный оттянуться вот значит дальше мы с вами говорили о том что вот этот вот механизм до которые мы рассмотрели он позволяет примерно где-то достичь точности одна ошибка на 10 5 да и действительно опытах
Speaker A
in vitro для реплика тивных полимеров и эукариот это полимеразы альфа дельта exelon вот и проникнуть дальше подробно поговорим действительно достигаться одна ошибка на 10 4 10 5 но недавние оценки показали что на самом деле по-видимому избирательно исключение на несколько порядков выше
Speaker A
вот среднем было определено что правильное основании включается в геном дрожжей только один раз на 10 7 нуклеотидов понятно что используйте брошу который было уничтожено пруф reading активно до конца полимеров и чтобы чисто опыт был да и не сметь система репарации чтобы вот эти
Speaker A
дополнительные уровни контроля нам не давали эффект вот кроме того корректирующая активность работа также система репарации вот и вместе они дают уже не 10 9 как мы здесь ожидаем до учебники а несколько выше на пирс у нас фактически получается что
Speaker A
одна ошибка возникает на каждые 250 поколения бра живых клеток до то есть по-видимому такой высокий уровень точности до не расхождения между вот этими данными им литр которые получены да то есть пробирки и в клетках можно объяснить несколькими способами то есть
Speaker A
in vitro видимо не совсем оптимальные условия соблюдается то есть возможно соли этаж такие да и другого сможешь стоит в том что есть некие дополнительные белков и взаимодействия которые и от на точность работы днк полимеров и которая в системах in vitro
Speaker A
просто не повторяются потому что эти белки туда не добавлены потому что система in vitro то как правило очень бедные допусти туда добавлять капота что вы проявляете но вы не можете контролировать что того чего вы не знаете то есть это дополнительные белки
Speaker A
а вы пока понять не знаете они должны влиять вот ну и возможно что вот есть какой-то механизм исправление ошибок который мы ищем мы пока они осознали едиными наши began такое тоже возможно вот поэтому на самом деле как бы вы
Speaker A
должны понимать что вот это учебник это чтобы она не совсем уже как бы является скажем так вот сам и много да так вот что происходит дальше из нас нуклеотид неправильно был добавлен на говорю что и star уровень защиты его можно вырезать
Speaker A
нуклеотида то есть корректирующая активность днк полями роста второй механизм вот обычно это корректирующая активность она расположена в отдельном активном центре в днк полю мира сотрясал грязный центр вот здесь вот приведена как раз структура днк полимеразы одной из днк фага ми роста и здесь
Speaker A
показана этот экземпляр данный домен он летит фиолетовым показанный здесь вот идет синтез в полимеразной мартином центре и если у нас нуклеотид сюда последний включился неправильно то через некоторое время эта цепочка отсюда диссоциирует и попадет вот в этот аризону для разные домены и и будет
Speaker A
вырезана причем обратите внимание что выходит только вот эта цепочка до которая синтезируется она сюда как свешивается и здесь отрезают за счет чего она вот так свешивается оказалось что were пилика тивных днк поля мир анзак с союзом у грязными
Speaker A
доменами образоваться обширное взаимодействие с точки зрения малый бороздки днк то есть вот туда показана структура как раз когда у вас днк запихнут в домен ладони полимеразной активный центр и серым здесь на структуре показаны те аминокислотные как бы поверхность до
Speaker A
этого фермент когда и вот эти вот синяки это теме на кислотные остатки которые контактируют получается с остовом до сахара по своим уставом и таким образом за счет этих контактов проверяется точность спаривание нуклеотидов до образующийся днк причем самое интересное что у
Speaker A
полимер раз дельта и аксион да такие ошибок ошибочные взаимодействия проверяются вплоть до минус 5 положения то есть у вас получатся есть первое приложение дата там где у вас нуклеотид стыда матрица и вы подбираете входящий нуклеотид к нему да если вы считаете еще
Speaker A
пять положений назад как бы в сторону праймера то вот все они как бы сканируются получается за счет этих взаимодействий и получатся чтобы им каплями раза не важно не только чтобы последний нуклеотидов про мире взаимодействовал с матрицей правильно комплиментарно но и предыдущие четыре
Speaker A
перед ним еще до то есть всего пять нуклеотида то есть по-видимому за счет такого как бы проверки пяти предыдущих получается автор да вы можете поймать реплика тивной полимера за мою ошибку очень эффективно если там мало ли где то
Speaker A
неправильная пара да не комплиментарно неё центре песка то такая структура будет более эффективно а значит для того чтобы перейти в центр по вырезанию да то есть нарушения вот этих взаимодействий пилот потому что это цепь как бы не фиксируется и она оттуда начинает искать
Speaker A
экземпляр центру что его не говорит о наличии любого вот получается из этих 5 то есть получается что у нас есть такая вот как бы машина да очень сложная у которой есть части вот частности вот этот как бы палец до который фиксирует
Speaker A
до того спираль вот когда у вас нуклеотид по подарок она его как бы фиксирует до проверяют взаимодействие то есть селекция по конформациями здесь вот есть рисунок который предполагает как-то все реализация то есть химическая селекция за счет правильного связывания дает какую точность до
Speaker A
информационная селекция за счет того что вот этот палец фиксирует дополнительно и проверяют таким образом правильную информацию повышают еще сильнее до roof резинкой самаре прессом еще сильнее именно че еще делать на два порядка лучшую серию сей процесс и ноги в
Speaker A
проблемы мы говорили о том что на самом деле днк полимеразы присутствуют работают они вместе с другими ферментами и тут же присутствует кроме д д н д п либо нуклеотиды и концентрации рибонуклеотидов намного выше чем г-н ты об этом и говорили это
Speaker A
связано с тем что транс 3 происходит гораздо больших объемах и чаще да и кроме того все наши высокоэнергетичные молекулы которые до томатов например это либо а ты вот и хотя достаточно трудно посчитать точной концентрации было обнаружено что соотношение примерно следующая то есть
Speaker A
примерно в 36 190 раз рибонуклеотидов больше среднем чем деза psy нуклеотида соответствующие вот таким образом днк полями раза является серьезная проблема у неё истерические ворота да так называемых карманных screamin' отаров котором есть специальный остаток тирозина позволяющий различить именно
Speaker A
те нуклеотиды как раз одежды записи рибозу и дискриминировать те нуклеотиды которые содержат и рибозу и не дать им строится однако оценки показывают что вот например полимера записи вон у эукариот до которая отвечает за на репликацию ведущей нити она
Speaker A
включает такой вот один либо нуклеотид на каждый 1252 завсегда то есть это достаточно высокий уровень на самом деле вот тогда как дельта и альфа включают вот таких таких соотношениях да и этот рибонуклеотидов учатся включенных днк является самой распространенной формой вообще
Speaker A
повреждение днк до в результате то есть никакие там ультрафиолетовые лучи там радиации лидирующие агенты и так далее они не так страшны в общем так как вот это вот включения либо могли отитов неправильных то есть на самом деле это связано с тем что
Speaker A
в дедков эукариот присутствовать как правило рнк за аж до их несколько даже рынка заш мы говорили что оно расщепляет рнк дату которая находится в дупле xi с днк и как раз вот такие вот вместо где у вас включились либо нуклеотиды они будут
Speaker A
как бы доступны до в некоторой степени для работы рамка заш то есть включение либо нуклеотида у вас автоматически будут приводить к тому что у вас будет одна нитевой разрыв днк если такой на вечевой разрыв у вас будут возникать например при следующем акте
Speaker A
репликации да то есть у вас матрице днк содержит либо нуклеотид например да и там сработала рнк заочная там либо нуклеотиды например предварительно до этого дата при 1 плита не и дуплексной структуры у вас и потому нитевой разрыв вот говорить потому что у вас одна из
Speaker A
половин вилки вообще отделиться да никакой возникнет вот такой вот 2 нитевой разрыв теперь уже потому что дано этой матрицы вы можете достроить днк до конца это у вас вот уже кончик вот ну и кроме того скажу сразу что если днк полями раза
Speaker A
проверяет либо нуклеотид да она к нему не может матрица подобрать то есть потому что иначе она уже будет как сказать обратной обратную транскрипцию осуществлять дату с рынка синтезировать днк обычно реплика тивные так ними хотя есть специальная днк полимераза не вот те кто
Speaker A
ходит нам на семинары мы поговорим о ней для нее доказано существования обратной транскрипционные активности персонала менее проезжать какие-либо нуклеотиды вот и предотвращать остановку результате и вот на таких рибонуклеотидов из они встречаются в матрице должно при следующем раунде купонов
Speaker A
вот значит чем на чем остановились там так кроме того смотрите концентрацией от mtf тоже важно очень если она будет скакать то это тоже очень отрицательно скажется на работе днк полимеразы то есть на самом деле конспирация dmf она контролируется всего одним ферментом до
Speaker A
который превращает у нас рибонуклеотидов дезоксирибонуклеотиды так называемые rebug коза либо нуклеотидные да она наши клетки очень уникальный ферменты а мутации японией как правило заканчиваются плохо да многие из них летальный они которые показаны что приводит развитию большого количества рано повышением а то генеза и
Speaker A
развитию даже этих состояний связанных с раком проводов до конца не доказана канцерогенности а значит считается что следующая вещь да то есть если этот фермент нарушен то происходит изменения например концентрации синтезирующей de saxe нуклеотидов может происходить сбалансированы для увеличения то есть
Speaker A
все либо падают либо увеличиваются до чтоб с ним происходит монстрация либо может происходить дисбаланс то есть какой-то один нуклеотид например в результате каких-то влияний повышается и тут эффект аналогичен то есть когда у вас повышенная концентрация конкретного в загсе нуклеотида это
Speaker A
увеличит вероятность того что он будет неправильно включен то есть он чаще выпадает портным центр и соответственно него вероятность того что он будет неправильно включен увеличивается кроме того есть по видим некий баланс между экзема для знай активностью и полимеразной и если мы
Speaker A
добавляем больше де собственно креативов то это будет приводить к тому что у вас экзему для за будет хуже работать то есть у вас баланс сместится в сторону полимеризации а не в сторону коррекции вот поэтому например когда вы делаете
Speaker A
подсыпали мира зацепной реал все это вы смотрите да как у вас фермент и какую концентрацию нуклеотидов рекомендует производитель этого фермента использовать потому что если налить нуклеотидов от души да побольше что обычно синтезированным может получиться вы все наоборот с вами
Speaker A
синтезируйте она конечно работы побольше но за это вы можете распрощаться например точностью вы потом можете обнаружить что-то что вы синтезировали так вот или мир от нас моряки у вас содержит больше процент ошибок например когда за счет того что у вас за
Speaker A
ингибировать таким образом экземпляр зная активность вот и сейчас мы поговорим про бен пропали мира за грехи коли нет нет они не попадают когда нуклеотид приходит если он правильный то он образует полный спектр взаимодействий вот с этими ионами магния до который кормил его фосфатной
Speaker A
остатки о спиралью до которая накрывает его сверху встретим взаимодействием с другими остатками которые торчат сбоку то есть это приводит к тому что он там просто как бы залипает неправильно нуклеотид он не сможет правильно уложиться до за счет того что
Speaker A
мне complimentary матрица и в результате он оттуда просто легче диссоциирует потому что он этих контактов всех не образуют центр да да это уже когда у тебя ковалентно перед присоединенные да то есть если допустим последние но клетки включился ну правильно да то
Speaker A
за счет того что изменяться geometry спирали да она уже как бы не б форма и нарушается вот эти вот взаимодействия до которое я показывал с сахаром с votano 100 м да он как бы получается такой дуплекс хуже фиксированный она чаще
Speaker A
попадают под и запрятаться то есть там просто все настолько тонко устроена что буквально как бы за изменение чуть-чуть геометрии той поры она приводит ему что там сразу к информации меняется очень сильно и как бы этот фермент если вы
Speaker A
нормально работать но значит теперь мы поговорим о polymer о заказчике и поле значить решите поле кишечная палочка это замечательные объекты как мы уже говорили первая доска полимеразу которые вообще было для химически выделены и охарактеризованы кстати их корм герб
Speaker A
потом получил от за это нобелевскую премию за открытие призов 1 фермента у него кстати есть сын вот вам артура конан корнер да не возил project корда вот и он занимался исследованиями днк и рнк полимераза эукариотической не за свои работы он
Speaker A
тоже получил нобелевскую премию по позаниматься днк полимеразы этом каплями хотел бы нобелевские лауреаты вот такая выписывает семье полимераза первое да у бин как у escherichia coli всего их 5 вот вообще днк полимеразы делятся еще на классы по своему структурному значит сходству но
Speaker A
мы их здесь не будем делить на их поделим на классы когда будем говорить про эукариотические потому что делить 5 ферментов как бы не очень интересно давай о переводах 15 вот там можно разогнаться по из самых можно расписать какую к группам и вот здесь вот показаны
Speaker A
эти классы до или семейства значит у вас у нас самые интересные семейства которая нам будет интересно это bad bad смей ства у эукариот туда входят днк пальмира заключающие за репликацию то есть это альфа и всего не дельта у бактерий туда
Speaker A
входит днк полями раза которая отвечает за вторая новинка полимераза она не отвечает за собственно саму репликацию она отвечает за restart и британцы и из синтез сквозь повреждения то есть это такая вспомогательная днк подбираться а вот днк полимераза первое которая у нас
Speaker A
первое было охарактеризовано да она относится к семейству вот про семейства мы тоже поговорим о эукариот туда входят днк полимеразы которые отвечают например за удвоение днк митохондрий да из-за некоторые дополнительные значит всяческие процессы такие связаны к книгам алогичное объединение концов при
Speaker A
репарации вот и еще там вот он разберем а вот самое главное днк полимераза который отвечает за репликацию это третье она относится к так называемому c7 у эукариот нет представителей c семейства то есть это такое семейства которое более характерно для бактериальных рипли класс
Speaker A
вот и четвертое и пятое они относятся к игр семейству игр семейства этого основном она меня днк полимеразы которые обладают способностью синтезировать сквозь повреждения то есть если матрица из поврежденной нуклеотиды они способны и этим нуклеотидом подбирать комплементарный вот для игрока семейства
Speaker A
характерно то что у них нет корректирующий активности то есть если вот эти вот первая вторая и третья они содержат корректирующую активность да и ведь вы можете видеть что она есть да тут написано что ее нет но на самом деле
Speaker A
написано что ее нет просто по той причине что она локализована в отдельном белки то есть не в самом там белке который отвечал за полимеризацию а в отдельной субъединицы поэтому здесь написано нет но на самом деле конечно она место вот а для вот этих вот которые
Speaker A
занимаются синтезом через повреждения до translation а вот они не содержат перекись активность она просто и мне нужно и как правило они обладают сниженной точностью до вот тут вот мы видим что у нас 10 5 до 10 5 10 5 здесь мы видим что у нас уже
Speaker A
снижается до 10 в 3 допущена ошибка уже у нас на тысячу ну в общем то это характерно для них потому что как мы дальше будем обсуждать на примере эукариотических да а то мы увидим что у них очень странным образом устроены
Speaker A
активные центры например есть днк полимеразы которые в своем активном центре до образуют неё сын криков ский о собственности пары или есть например те которые вообще не образуют никаких пар а вместо пара не образуют водородные связи с частью аминокислот активного центра
Speaker A
есть такие примеры то есть там активный центр различным образом модифицирован да значит любые повреждения то есть какие у тебя могут происходить например при взаимодействии с ультрафиолетом днк образуется тени на воде не рыба при взаимодействии с медитирующими агентами различными те которые распространен
Speaker A
томительные общее метильные сильные там и другие группы до образуются у тебя различные производные то есть по совершенно разным местам да например у тебя могут имитировать участке интерфейс отвечающего там за например вот сентриков ские завести то есть например у аденина у тебя муж
Speaker A
мотивироваться существо и положение а могут интегрироваться например другие места даты это вот допустим свободные радикалы до которые образуются у тебя обычно когда неправильно работает электрон транспортные цепи в митохондриях то есть когда у тебя в митохондрии работает экран транспортная цепь на там
Speaker A
же образуется из кислорода вода в концертов терминальной оксида те и те очень важно чтобы на этот кислород тебя упала ровно четыре электрона до язык трон транспортной цепи вот только тогда у тебя образуется вода да вот если у тебя упадет на кислород один электрон
Speaker A
таким получится так называемый супероксид радикал это очень активно и очень активно окислитель на который окисляет все что ему попадется на своем пути то есть белки и нуклеиновые кислоты и виды все до чего смог дотянуться до понятно что он действует не специфически
Speaker A
и там возможно вообще любые даты в любом месте кольца вот этого азотистого основания любого нуклеотида практически может произойти какой-то когда модификация то есть в большинстве случаев так я приведет к образованию в этом месте гидроксильной группы то есть это к активные формы кислорода
Speaker A
генерирующие излучения тоже если они работают по такому же механизму то есть они например у тебя генизе отводу делают из нее активные формы кислорода какие выбивают какие то электроны вход и а не то что ты тоже привык окисление есть
Speaker A
например агенты которые вызывают сшивки между двумя этими как цепочками даты смерти очень ошибки есть такие в общем достаточно много то есть мы когда бы он говорит про репараций у я вам расскажу основные повреждающие агенты то есть вот этого все она в
Speaker A
основном препарируют то есть и специальные системы которые опознают эти поврежденные нуклеотиды в днк вырезают их и меняют на свежие нормально но проблема в том что не всегда хватает емкости этих систем то есть у них определенное но ограничены то есть грубо
Speaker A
говоря из руки повреждение образуется единицу времени больше чем может от репатриироваться дату они у тебя начинают накапливаться да то есть и вот если они у тебя начинает накапливаться это значит что если у тебя пойдет репликация то есть очень большая
Speaker A
вероятность что у тебя днк полями раза столкнется с ними с этими поврежденными нуклеотидами ну естественно за счет того что мы сейчас разобрали до построена контент что там все очень плотно и есть куча проверочных механизмов да то любой нуклеотид который будет давать у тебя
Speaker A
геометрию хотя бы чуть чуть больше с входящим нуклеотидом это работать на убой то есть если неправильно включенный нуклеотид проверка еще можешь отрезать дату скорректировать да тут и нечего корректировать не может и я уже в матрице вы правильно то есть ты к нему
Speaker A
никогда в жизни ничего правильного не подберешь этом возникает необходимость вот существование вот этого игрока семейства у которого активный центр устроен по-другому у него там нет такого требования чтобы все очень плотно друг другу подходило там есть просто такие какие-то изыски
Speaker A
иногда которые кажутся очень странными да и вот эти поврежденные нуклеотиды матрица не могут там вполне произойти такими центре даже большинство этих полимеров она научилась их нормально читать офисы действом тимин и владимир дата в нормальный днк полимераза он не влезет зато вот
Speaker A
например в пятую он прекрасно залезет и она еще напротив этого семейного genera поставить два аденина комплементарная этому тени на волге йеру прекрасно как будто тут и надо вот да ну разные полимеразы вообще нужны выйти специализация по функция то есть есть вот и когда они не точны
Speaker A
как у них просто сразу увидишь сразу здесь есть проблема о бойце смотри значит у тебя есть c который отвечает за репликацию сейчас мы увидим что она специальным образом для этого заточена у меня например есть в составе не погрузчик скользящего зажима скользящий
Speaker A
зажим и все соответствующие места от взаимодействия с этими белками например у днк полимеразы один этого ничего нет то есть оно не взаимодействовать со скользящим зажимом она нужна для другого она нужна для коробкова синтеза как мы сейчас узнаем дату тут написано ведь она
Speaker A
зашивает дырки в днк gps и до которые значит дырочки короткие в основном эти бирочки образуются либо в результате работы систем репарации которая до этого там что-то срезали да и оставили легко вместо неправильного нуклеотида поврежденного либо в результате того что
Speaker A
надо удалить заправки до тройника вот то есть как бы получат смотрите у вас три основных как бы таких функций да это реплика за быстрая процессе вно я плотно сидит на днк несется с огромной скоростью у нее есть активный центр который очень четко
Speaker A
подобным именно под 83 краски пары вторая группа это у вас различная днк примерно за который участвует в репарации то есть надо коробки участок синтезировать непродолжительные до для этого скользящего зажима не нужно это можно делать медленно тихо и вдумчиво в некоторых случаях как а вот
Speaker A
это вот днк полимераза 2 можно еще использовать немножечко вот такой вот неточный синтез до транс транс режем тоже делать вот или например пересортировать репликацию я сейчас расскажу как немножко происходит и есть третья группа третье это те которые уже
Speaker A
борются с ошибками но про бы не борются с жить они пытаются сквозь них пройти то есть вот это как бы три мажорных пути до логических по которым развивалась диверсификация днк полями раз на нашей планете на может на другой планете там
Speaker A
как то по другому но пока мне быть не знаю значит он существует просто отдельно да то есть но это как бы особенность такой организации он на отдельном белки это просто отдельный белок который вместе с тем белком как отвечать за канализацию
Speaker A
взаимодействие они образуют комплекс я чувствую до плеча сейчас все будет понятно смотри значит все эти днк полимеразы они образуют уже знакомую нам значит структуру виде ладони да и домена fingers и домена соответственно большого пальца иногда сюда дополнительные домены навешиваются
Speaker A
например вот у днк полимеразы третье есть так назван печки домен который вот значит отличие от там за дополнительной функции вот в любом случае вы можете видеть до что у них у всех есть finger съесть паунда ментам домен кстати часто бывает ведь и
Speaker A
разделен на две половины есть вот этот палец палец иногда была переставлена то есть на основе того как вот эти вот днк полями раза устроены у вас происходит и и деление на вот эти семейства вот разберём первый бинга померанцев
Speaker A
значит первое днк примера за это один белок до но у него есть три активных центров эти три активных центра отвечают за разные активности да то есть первый активность andron отвечать за полимеров знак тивности то есть вот он здесь вот
Speaker A
он у нас локализованы дипалом и finger домена да и там то есть вот эта часть белка отвечать у вас за полями разно активность вот здесь виде схемы она ведь как изображено да вот кроме того здесь же рядом находится корректирующий центр
Speaker A
то есть там локализуется на самом деле если говорить про как это а тут нет на этой штуке вот если говорить про геометрию то он локализация чуть ниже то есть вот как был на ладони у тебя полимеразной центра здесь вот чуть
Speaker A
ниже как бы отдельный домен экземпляр вам там парка на предыдущих слайдах то есть это все в одной белке и есть дополнительный домен вот такого удивительные это 5 штрих 3 штрих экземпляр за то есть вот этот у вас отрезает нуклеотид да как бы который был
Speaker A
только что включен а этот отрезают нуклеотиды которые у вас по ходу симка за ну то есть у вас днк примера за куда-то путешествия до по матрице если на этой матрицы на и ибуки есть какие-то нуклеотиды которые взаимодействуют этой матрицы
Speaker A
приедет она например да и увидела там где-то впереди отажон какой-то праймер на матрице днк вот она через этот проме проедет танк городской другую полимеразу ты бы остановила на доехал до этого праймера просьбы и конец это днк полимераза на этот раме просто
Speaker A
расщепить до которых впереди нее находится который мешает проехать например то есть выглядит это как выглядит это следующим образом то есть обычно днк полями раза 1 используется для удаления праймеров которые образовались при синтезе отстающий цепи то есть у вас
Speaker A
фрагменты оказаки да вот вот это один как бы фрагменты оказаки он вас начинается с праймера да он обычная рампа выедать чего у вас там куда то сколько ты далеко далеко далеко уйдет цедента а здесь вот у вас предыдущий
Speaker A
фрага но как бы следующий фрагмент оказаки вот днк полями раза 3 до синтезировал а доехала не уткнулась как бы в в предыдущей до в результате у вас здесь есть дырка 1 нитевой разрыв никто есть у вас ваш группа здесь здесь у вас
Speaker A
паспортный остаток висит на 54 конце этого примера вот и дальше что у вас происходит днк полимераза 1 на такие ники воспринимают про к субстрату то есть она вообще на нитевые разрыва спина как субстрат и double ять то есть если у вас есть какая-то
Speaker A
плазмида кольцевая да и вы ее выделяли с помощью кита да и как-то там криво значит капнули у вас получилось так что это плазмида у вас немножко попортилась да то есть какие-то однонитевые разрывы в нем из листовок эти однонитевые разрывы будут субстратом
Speaker A
работы для каплями раз то есть что она делает она значит садиться на него и с помощью вот этой вот 5 4 3 шт их экзему грязно активности она отщепляет нуклеотид который был рамка вaм праймером сша и на его место включают
Speaker A
нормальному креатив днк вы таким образом получается что праймер у вас полностью очищен до застроен днк и вот правда этот у вас разрыв никуда не девается то есть он просто мигрирует да поэтому такой процесс называется ника трансляция то есть это у вас просто
Speaker A
перемещение не к трансляции это никакого отношения не то есть получается что у вас как бы днк примерно за первое высшее кекуле в основном занимается удалением праймера вот значит правда есть одна беда г-н каплями раза первое у большинства бактерий
Speaker A
ну или ее там скажем да друзья да и и гомологичные молекула необычный не содержат этого домена который отвечает за 543 штихель звук ли отмахнулась поэтому у большинства бактерий и у нас с вами про не удаляется по другому механизму то
Speaker A
есть у бактерий в основном задействованы рынка заш который удаляет этот праймер на год и потом образуется здесь дырка которая застраивается днк полимераза и разрыв зашиваться ли газы с вами процессов сложнее вот и есть несколько путей до то есть есть вот такой вот путь
Speaker A
когда у вас работает аромка за аж до она тоже вычищает правда у нас их аж два раза называется вот она у вас удаляет здесь роковой нуклеотиды потом нужно последний нуклеотид как и здесь отрезать с помощью 5 их экземпляры потому что
Speaker A
рамка ваш может пока рнк в связи воронка рвать да то есть вот эту связь между рамкой днк на порвать неважно вот а есть вот такой вот интересный случай когда у вас например днк полимераза который синтезирует предыдущему промыть следующий фрагмент
Speaker A
доказать не она наезжает на предыдущие да и вот эту часть которая содержит вами рано как бы вылетает и этот теперь у вас вот это вот штука на 1 нить его часть она у вас болтается в пространстве вот этот такой как бы кончик он называется
Speaker A
флэт по-английски да и с ним работает flap овская эндонуклеазы финагин она называется то есть фен один подрезает вот этот вот сразу кусок да он отрезает весь праймер и может быть даже еще немного днк это в результате того что вашу днк
Speaker A
пальмира наехала да и есть например еще с какой путь до где у вас столько белок дина едва вот для того чтобы скушать эту часть вот последний почему потому что там связь у тебя она же когда срезает она смотрит не
Speaker A
на один нуклеотид не на тот который на 30 она несколько цепочки если у тебя рядом уже начинается дуплекс днк днк они днк рнк то это может сразу понять это просто даже на форму молекулы влияет тут у тебя б форма здесь я а форма то
Speaker A
есть даже переход как бы между а формы b формой в этом участке будет приводить тому что видимо активы центр складываться не оптимальны она не может выносить то есть она же просто как бы получается раз она режет у тебя рамка только в дуплексер днк и
Speaker A
рамка значит она форму это детектирует на то есть были либо а форма на может отвечать какой вот этот взгляд и последний ну потому что здесь дальше видимо уже бы формы идет ей это уже неприятно не то чем 1 1 2 вот эти она отрежу
Speaker A
тоесть это она слушает он может и последние два не знаю возможно такие инструменты как бы скорее всего чтобы может быть на последней точно не отрезать они у escherichia coli грамотрицательные бактерии кишечной группы в основном пошлите поле ее родственники то есть это очень узкое
Speaker A
такое вот семейства вы должны просто знать простым не у всех так то есть у большинства этого просто нет для этого нужны вот эти вот рынка за то есть тут есть схема которого можете посмотреть потом когда будете готовиться к экзамену
Speaker A
подписаны в стадии на для чего применять днк полимеразу один в биотехнологиях вы можете в лаборатории с ней столкнуться да даже если у вас не будет escherichia coli и вы будете какими-нибудь биологам которые лечат каких-то морских свинок то все равно вы
Speaker A
с гонками раза и не можете столкнуться во первых bento полимеразы один она издавна используется для того чтобы например достраивать нитки концы например да либо ну как бы достраивать мексиканцы бы тупых я не туда вам нужно что-то из аспектов работы образовательных и
Speaker A
концентрации чтобы они перестали лепные да например куда-то либо просто для того чтобы вам нужно что-то достроить какой-то одной ничего учат когда с праймера обычно для этого используют днк полимеразу не 1 продукты и протеолиза то есть отрезают вот этот вот 543 штык зону
Speaker A
пляжный домен до который отвечает за удаление праймеров и остается только сама полимераза с корректирующий активностью вот и такая полимераза называется фрагмент клёнова или днк полимераза клёнова она так продается даже может быть если вы пойдете в лаборатории то вы можете
Speaker A
пробирку вот там вот написано полимераза клёнова все это не что иное как днк полимеров заднему которой отрезали вот этот домен отвечающий за удаление праймеров и она используется много в каких процессах да то есть например полимераза клёнова у которой убит эту
Speaker A
зону для данный домен для того чтобы например делать какую-то ошибочно 7 здесь еще днк полимеразу один применяя для того чтобы метить различные молекулы чтобы можно было вносить метку не в наконец да то есть если мы например что-то секвенируем например да вот вручную есть
Speaker A
такой ручной секвенирование пациенты рода то там для того чтобы мы видели что у нас получается да продуктов секвенирования нам нужна броня пометить радиоактивны его обычный метят за 5 штрих конец используют для этого специальных ферментов и разменивают по сфо ты на 54 конце напечатай концертной
Speaker A
группой на по определению есть специальные ферменты называться полей нуклеотид кино за вот пнк поле нуклеотид кино за вот он нужен для меч и не по 5 что их концов а вот когда у вас стоит задача памяти какую-то молекула
Speaker A
днк на прям кольцевую вы хотите ползунками у нее нет никаких 5 штрих концов да у нее нет никаких фосфатов которые могла бы пули нуклеотид кино за поменять на радиоактивные осадки значит вы делаете следующую вещь то есть вы организуете образование не к
Speaker A
в этой молекуле и дальше добавляете соответственно туда днк полимеразу первую и досыпаете туда радиоактивные нуклеотиды вот эти радиактивные нуклеотиды должны содержать фосфат меченые допустим 30 вторым или 33 зато по в альфа-положении да потому что у вас альфа фосфат
Speaker A
включаться в днк настолько на борт тут этот ник воспринимать как субстрат будет строить здесь днк нового молекул эти нуклеотиды on a boat удалять до которой и предшествуют и застраивает вот таким образом вы можете например провести внутреннее меч или с днк
Speaker A
прибираться 1 очень полезный фермент лаборатория на очень эффективная часто используются днк полимераза 2 штрихи к ли это у нас полимераза который обладает высокой точностью но при этом еще и дополнительный нет корректирующую активность значит где она обычно участка днк полимераза 2 бактерий обычная
Speaker A
использоваться для перезапуска репликации то есть если например у вас вилка реплика тивная остановилась когда днк полями размахнулась на повреждение маточной секрета что мы сами обсуждали да то очень часто для перезапуска используются полимераза 2 значит так же она умеет проходить через
Speaker A
повреждения матричной цепи значит какие повреждения на мышцы почечные сшивки у меня передали вать и сайты где у вас произошла потеря азотистого основания у вас азотистые основания говорилось образовался так называемый давить студенты тебя любят ваш директор написал меня люди
Speaker A
вот значит нет смотря на свой собственный значит приз тряпичных как зону пляжный замена днк полями раза способна делать такие штуки она не делать мутации и по сдвига рамки считывания то есть у нее почему-то устроен таким образом активный центр что
Speaker A
он позволяет нам днк и загнуться и это приведет к тому что у вас потеряются матричной цепи яме изогнут сюда когда у вас матричная цепь изгибается у вас 2 нуклеотида там образуют петельку и в результате у вас следующий ну или
Speaker A
представляется не к тому которому он должен был а через два и в результате у вас эти два как бы при аппликации они у вас теряются вот такая вот интересная особенность она делает вот эти вот замечательные ведь я даже в таблице это отражено вот
Speaker A
тут она делает франшиз ты не знаю зачем это нужно то есть как бы есть там ряд теорий для чего это как то есть нужно мог до сих пор как бы проекта ничего точно неизвестно но вот она отличается тем что она видео на точная но
Speaker A
friendship она делает как говорится такая удивительная полимераза значит и полимераза 3 про неё мы сейчас поговорим когда сделан с вами перерыв давайте сделал перерыв 10 минут пойдем дальше да днк полями разотрите в отличие от дирка полями раза 1 это большой комплекс
Speaker A
мульти белковый как обычно для любых таких комплексов когда вас много белков там есть специальные термины и так называемых ola фермент да то есть это когда у вас все субъединицы собраны полный набор а иногда ещё бывая пор фермент да это когда у вас только отец
Speaker A
единицы которые нужны для катализа минимальный набор вот а значит у днк полимеразы 3 у нее минимальный набор состоит из альфа-субъединиц и которая каталитическая да и вот на этом рисунке вот тут by мы с вами сандрелли вот эта таблица была до видите вот это это
Speaker A
альфа-субъединица а вот это это эпсилон судьбу то есть резон угля на активность там просто размещена в отдельном в отдельной субъединицы пейте экземпляр знак тивность epson обладает корректирующие активность значит вот у нас здесь комплексе да это альфа это эпсилон и есть еще
Speaker A
это копирует это да она необходима для сборки ферментов комплекс для поддержания никакого у него ферментативной функции нет и вот эти три они образуют core фирме то есть он в принципе может работать независимо до другие ну как бы как работает истинным
Speaker A
fixie он осуществляет ковалев другой что он делает это не очень эффективно да когда нет дополнительных свинец значит дополнительное это скользящий зажим димер из двух бы то он понятно нужен ли чём разбирали для процессе власти для того чтобы стабилизировать фермент на матрице дата
Speaker A
как через него у вас продевается днк да и получается что это кольцо сидит на днк и к нему привязан пор фермент да вот при зелененькая то есть альфа эпсилон и это вот и есть как бы следующий набор 7 ниц это так называемой
Speaker A
судите отвечающие за погрузку это восходящего зажав зажима да то есть такая геометрия причем наблюдается у всех днк полимеров с который отвечает за репликацию то есть по сути дела дымка полями раза 3 бактерии полимеразы ипсилон и del у эукариот до капор
Speaker A
отвечают за у них репликацию они содержат 3 компонента да то есть это собственно полимераза да это о ну понятно что он полимераза плюс корректируй активность да тут имеется второй компонент это у вас скользящие зажим и третий компонент это загрузчик
Speaker A
стоящего за жена они отличаются то есть у бактерий скользящий зажимы по диммер бета не файл период этапе сьяны совершенно другой белок который состоит из трех половинок да и про него мы тоже поговорим у него очень интересная фиктивности он подыхает с разным
Speaker A
модификациям входят transcripts эту ходе репликации служит таким местом общем всяких ферменты приходят другие белки и 3 до загрузчик зажима вот у бактерии это называется белок dmx вот wild riot это r и все они имеют особой гомологии между собой дам разные
Speaker A
системы а значит в состав этого погрузчика скользящего зажима у вас входят пять основных субъединиц и две дополнительные вот эти вот хи и все значит 5 основных субъединиц они образуют у вас такой вот как бы я брюшка такое дан где нам вот такое да из
Speaker A
пяти значит причем она очень интересная сейчас мы про него поговорим о сначала я вам покажу еще иллюстрацию как выглядит сам вот этот участок который содержит аль посудине цу до обратите внимание что у него есть все вот эти домены которые нам уже знакомы
Speaker A
но у него есть еще домен связывания с бета-субъединицами то есть со скользящим зажимом отдельные и домен для связывания в по усубени сейчас мы поговорим что это такое то есть у него есть дополнительные поверхности для скользящего зажима не для по ученицей
Speaker A
значит пора скользящий зажим на говорили да теперь кратко про установщик скользящего зажима а значит мы уже сказали что он состоит из пяти субъединиц значит в основном это у нас опять же гамма-субъединиц а которая собственно кодироваться геном dmx это у нас
Speaker A
субъединица дельта и дельта штрих вот еще здесь у вас может быть то у сумме единица значит идея заключаться в следующем [музыка] а значит сунется гамма она у вас связывает от и для того чтобы устанавливать скользящий зажим чтобы развлекать замыкать кольцо
Speaker A
она кодируется геном длины x а но в этом же день и закодированный это у субъединицы вот тут очень интересная вещь происходит там когда рибосома считывает мрнк там в одном месте может произойти запрограммированный сдвиг рамки считывания и в результате у вас
Speaker A
синтезироваться не гамма коробка а то у субъединица у которой будет дополнительный хвост на c-конце из дополнительных аминокислот вот этот хвост нация конце утау сумме ниц нужен для чего для того чтобы он мог взаимодействовать с такими белками как белок бениды это у нас хилит
Speaker A
раза и собственно он может взаимодействовать с вот это вот днк-полимеразы 3 да то есть вот тут вот мы говорили есть у нас дал связывающий домен с ним пауз объединиться и заменить не значит выделены разные формы установщиков скользящего зажима а есть
Speaker A
сходящий зажим у которого например три субъединицы гамма-дельта не дельта штрих такая форма существует гей скользящий зажим у которого гамма town tale дельта и дельта штрих есть допустим где форма когда у вас например 3 дал субъединицы дельта и гилберт и
Speaker A
понятно что за счет того что у вас то у и и гамно образуется с 1 надо то вот этот участок он концы волне просто одинаковый поэтому они как быть у валентных отличаются они только этим хвостом и значит зависимости от того
Speaker A
сколько здесь будто у субъединиц у вас будет и столько core of сказываться в реплика тивной вилки то есть считается что обычно 2 это у нас уже показано что в большинстве случаев для значит репликации нам необходимо 3 пар фермента да как на в начале лекции
Speaker A
разбирали что один работать на ведущей цепи а два синтезе во фрагмент и оказаки поочередно на отстающий теперь и это действительно подтверждается то есть были выделены в последние годы такие вот комплексы из клеток из живых когда homo sum нет а
Speaker A
есть три то уж улице вот сейчас будет про hepsi подождите значит дальше сейчас несколько слайдов вот с информацией такой последних лет который в учебнике вы не найдете поэтому вот обратите на него внимание недавно была продемонстрирована что-то у содержащий комплексы выполняют роль
Speaker A
в инициации следующую значит они шапира не руют то есть как бы они помогают скользящему зажиму ассоциироваться с днк полимеразы score ферментом получается что установщик горящего зажима не только устанавливается задачи даже на праймеры но и каким-то образом помогает туда днк
Speaker A
полимеразы добраться и правильно связаться с этим сказочным заживо а значит то есть вот это шапира не рование по-видимому значительно увеличивает скорость присоединения полимеразы к скользящему зажимы то есть без вот этих белков по-видимому репликация хромосом проходило бы гораздо менее быстро да потому что у вас большое
Speaker A
время трактовать на то чтобы когда сходящий зажимы становился к нему присоединился к фермент сейчас это уже показана действительно пока непонятно каким образом он к делает но по видим он еще можно сказать что он не только установит сходящего давим на
Speaker A
што ён и установщик днк полимеразы на этот скользящие тоже следующие значит образование инициирующего комплекса стал содержащими дэн и x стимулироваться ssb то есть ssb белок привлекали установщик стоящего зажима вот по-видимому получается что ssb белок нужен не только для связывания для
Speaker A
нитевой dn града чтобы предотвратить ее схлопывание точно но еще и для установки сказоч и залива значит на самом деле уже давно известно что вот это вот he субъединица да вот та вот которую [музыка] дополнительно она занимается тем что она
Speaker A
взаимодействует с sb значит было показано что это взаимодействие важно для того чтобы полимераза 3 могла реплицировать днк покрытую создай доку то есть на самом деле когда мы будем говорить с вами пресса свои белки в разделе про хеликазы до 1 нить и лубянка
Speaker A
значит вы увидите что это фсб биллу он достаточно плотный одевает днк то есть фактически он образует днк духа филамент и кроме того ssb белок он еще и дополнительно в пространстве укладывает эту днк потому что ssd белок нет свойства те про мире
Speaker A
соваться не накручивать на себя сверху днк еще дополнительно да как бы придавая вид акулы и понятно что для того чтобы dn каплями раза могла пробраться сквозь сито да и синтезировать что-то нужно чтобы оно каким-то образом могла например идти с выбил из снимать оттуда
Speaker A
и по-видимому вот этот вот хе-хе вот это вот дал субъединица она очень важна для того чтобы один каплями раза могла проехать сквозь dm продета ssb вот и недавно было обнаружено что есть стабильно взаимодействия между ssb белков и днк полимераза дни это гомолог
Speaker A
3 полимеразу bacillus subtilis он встречается сейчас мы пару слов кстати про ним про него скажем однако не удалось идентифицировать как они взаимодействуют то есть это как бы еще такое стоит понять еще по вкусу происходит вот значит еще что выяснилось последние годы
Speaker A
да это то что предполагалось что днк полями раза до когда фермент дошел до конца фрагменты оказаки то она бросает этот скользящий зажим да там оставляет его диссоциирует и уходит дальше работать сейчас выяснилось что по-видимому вот этот скользящий зажим он там не
Speaker A
остается оон переставляется как бы новое место то есть именно оставшийся там его этот комплекс загрузчика входящего зажима забирает оттуда да и переставляет его на новых фрагменты оказаки выяснилось это в опытах по сингл 0 исследованиям да это когда наблюдают за
Speaker A
1 рипли катиной вилкой а в том что там проточная система то есть там нет просто ни каких компонентов да то есть если у вас скользящий зажим диссоциирует то он просто улетает да и нового ними как бы - током жидкостью
Speaker A
летать просто и нового не приплывет но тем ни менее там на отстающий цепи этот 7 этот чел нормально возможно кстати где заключается как бы альтернативное в том что скользящие зажимы для синтеза на фрагментах а казаки на 1000 цепи вообще
Speaker A
не нужны может оказаться такое а почему потому что у вас в принципе значит есть взаимодействие значит днк полимеразы состоящий цепи достаточно плотная да если мы действия с полимера зай через то у белки то есть как бы у вас все это не отваливается
Speaker A
никуда если у вас допустим этот на виде ручке цепи держится за свой скользящий зажим то этому настоящий цепи скользящий зажим по и дней не нужен потому что они как бы держится на этот держится через это то есть если один метод заживо кабель 2
Speaker A
получается где то тут при далеко не ответят по-видимому вот есть как бы группу группа ученых которые предполагают что на самом деле при синтезе отстающего цепи конечно же может вообще не требоваться и все будет без него работа вот и самое интересное это то что
Speaker A
такая картина встречаться далеко не у всех то есть то что мы рассмотрели это опять же скажем так в основном карте run 2 шырики полем а вот у грамположительных бактерий escherichia coli цб они знают и грамотрицательных двойная мембранах вот с тонким слоем
Speaker A
марина между этими мембранами поэтому она не отпрашиваться а вот bacillus subtilis да например грамположительные бактерии не пойму рынок поэтому оно окрашивается вот так вот выяснилось что у bacillus subtilis здесь 2 днк полимеразы работающие каждая по-видимому на своей нитки
Speaker A
или как-то по-другому в общем лепили к тивных днк полями раз у неё 2 1 называется полсе родины и вот они в гомологичны друг другу похоже да но полсе имеет перегруппированы и домены и у нее корректирующий активность и включена в состав депо а вот гены и
Speaker A
она похожа на полимеразу третью больше и поле то есть у нее например примерно такое же расположение доменов и активных тоже отдельно в отдельном блоке хорошо так вот значит смотрите репликация ведущий цепи требует 11 белков то есть это у вас но аналоги
Speaker A
сходящего зажима аналоги субъединиц погрузчик этого режима плюс днк полимераза c репликация отстающий цепи требует дополнительно к этим белкам ко всем дополнительно prime озу единой и то есть идея заключается в том что либо на отставке цепи у вас kinko's ведет
Speaker A
дэн и и она ведущий цепи у вас работает полимераза c дополз и это как бы одна гипотеза дорогая гипотеза что более вероятно она заключается в следующем дэнни и у неё скорость удлинение очень низко а уполз и нормальная поэтому
Speaker A
по-видимому еще упаси видите черт происходит она не любит праймериз рнк 1 и и наоборот любит рамирез рнк поэтому предполагается что возникает система очень похожа на то что наблюдается в период мы были что у эукариот за синтез праймера отвечает
Speaker A
прайма знaeтe домен из днк полями разы альфа потом постов как этот ранг avapro мир снизился он перехватывается днк полимеразы альфа уже днк прими разным доменам до синтезироваться и после этого уже передается репликация днк полимераза альфано у вас минимум не
Speaker A
может связываться со скользящим зажимом да и здесь в общем случае да здесь у вас уже нормально прекрасно такой вот по видим может наблюдаться что-то подобное то есть у вас здесь такая же система то есть есть прайма за потом нее чуть-чуть
Speaker A
удлиняет днк дaнной и на с небольшой скоростью и потом передает поуси скорее всего что-то хотя может они по-разному работу то есть может быть вот такая система значит здесь у нас практически суммированы все основные наши субъединицы полимеразы ошибки поле 3 да
Speaker A
вот приведены их основные гены которые кодируются и их основные активности дан и здесь сравниваются у нас три днк полимеразы на этой табличке то есть когда вы будете готовиться вот основные свойства у них здесь приведены до на что обратить внимание на то что это у вас
Speaker A
один белок у вас более белковый комплекс до сложный экзему грязная активность вот это дополнительная то есть корректирующего всех есть дополнительно 5 6 1 и здесь в этой табличке приведены примерные значит у вас скорости работы до днк примеров для сведения то есть среднем мы считаем
Speaker A
что хорошая гонка полимераза скорость работы у него порядка 500 тысячи нуклеотидов в секунду днк полями раз которые занимаются исправлением каких-то шепнуть застраивания мидера к продавщице в результате репликации в опере по рации до скорость конечно ниже вы видите да то
Speaker A
есть творя при десятках нуклеотидов там такие скорости просто не нужны высокие том чтобы и маленьку вот и о днк полимеров которой относится к четвертому и пятому да и семейства играх вообще в целом у них скорости могут быть еще
Speaker A
меньше то есть бывает такое что в скорости достигает больше секунды время просто ждать чтобы включился ну и процессе ность да здесь показана позже вам для сведения то есть упали мира за треть она высокая теперь про 4 5 то есть мы уже с вами
Speaker A
поговорили о том что есть некая консервативная революция да о том что если в днк на пути днк полимеразы которая отвечает за репликацию встречается какое-то повреждение здесь такими новый diner то дальше у вас это днк полями раза останавливается на здесь
Speaker A
это например эпсилон новый kreed вот и дальше она по-видимому диссоциирует что тоже спорно можно не диссоциировать машина там за это джипе сено и берутся никто точно не доказал окончательно вот и сюда приходят днк полимеразы которые способны спасти то повреждения
Speaker A
синтезировать какую-то цель до с тем или иным успехом то есть у эукариот это у прокариот увы escherichia coli это четвертое и пятое у дрожжей это вот так называемая не rif-1 и xi-xii повернет запада и тойота не реверс копа и
Speaker A
вот в результате они это повреждения проходят так или иначе вот и сейчас мы с вами немножко разберем как это работает у бактерий бактерии из целая система связана с тем чтобы детектировать эти повреждения детектировать остановлены и реплика тивные вилки вот и запустить синтез днк
Speaker A
полями 1 и 4 5 6 случаев днк полями раза 4 5 лет и в каких-то значимых количествах отсутствует нормальной жизни да тут все это ферменты инду цивильные их синтез включаются только в тот момент когда они нужны по-видимому вместо них в клетки обычно
Speaker A
функционируют полимераза 2 которая тоже умеет немножко проходить сквозь повреждение но видимо этого достаточно а вот есть повреждения накопилось очень много то включается такая система репарации как сос репарации да но сос понятно чего на что все очень плохо а в
Speaker A
общем то на самом деле все действительно плохо потому что остановлено evil и реплика тивные просто приведут к образованию 2 ученик разрывах ну что и реплика тивной вилки долго не живут они обычно деградируют скапливаются в обратную сторону да и это приводит к
Speaker A
право к формированию 2 очень блоге у первых рогов ну достаточно нет как бы вы смотритесь в идеале если бактерии допустим живут хороший среде да где на них не действуют эти источники радиации это химические мутагены то там этом происходит крайне редко да то же
Speaker A
самое касается клеток эукариот то есть если в организме в общем-то все хорошо да и опять же это как бы клетки не нужно да не чем у них нет никакого стресса там нет седативного по воде там дополнительных рядов стресса которых
Speaker A
много-много-много добывать эротических организмом то тоже это будет крайне редко все подскажем как все не текст риме вариант да это как бы защита просто уже дальше у тебя как бы выбора возникают очень простой либо у я для примера за 3 еще
Speaker A
одно ошибки останавливаются вилка деградирует на этом месте образуется двумя te voi разрыв а это значит что у тебя днк не рефлексировать это 2 активы разрыв надо в дальнейшем лечить специально да у тебя и так тепло панда не так много повреждение скорее всего
Speaker A
что такая клетка либо не поделится либо в дальнейшем работ незавидна у эукариот то же самое только единственное что там все осложняется тем что из системы контроля специально которые следят за репликации если клетка в определенный момент не прошла определенной контрольной точки чекпоинты
Speaker A
да потом включаются специальные системы которые но напряжению курса нашему него не пройдем которые вызывают просто различные виды запрограммированных легче то есть это все как бы ну либо допустим если она и выживет то у неё там есть какой то вероятность она может
Speaker A
перевозить европу руке за счет того что что то повредиться какие-то важные гены повреждений поэтому выбор ты на самом деле жесткий плюс либо смерть либо выживание но с мутациями поэтому об остановке репликации необходимо докладывать в общем случае у нас
Speaker A
по-видимому вот этим вот как бы сигналом упрощённо скажем тогда говорящим о тож не все пошло плохо является наличие большого количества нитей днк то есть это за счет чего за счет того что днк полями разве восстанавливается а хеликаза у вас немножко убегать и лед до
Speaker A
хотя показано что хеликаза без взаимодействия стал субъединицами работает раз примерно в 50 медленнее чем то когда ее держит загрузчик до этого зажима скользящего но тем не менее все таки это происходит значит с 1 нитевой днк начинает связываться белок река
Speaker A
в клетке мы с ним столкнемся еще много раз это основной белок рекомбинации до гомологичные то есть он в пирсингу вере принимает участие в различных значит процессах связанных с обменом не теми всякими общем он заниматься тем что связывается сюда нитевой днк образует
Speaker A
филамент этот филамент естественно вытесняет с углубил о представлении одновременно создает его перикл они могут находиться одновременно давай-ка тивные значит дальше что происходит дальше есть еще один белок который называется лекса алекса это у вас транскрипционный фактор это белок который взаимодействует с днк
Speaker A
регулируют транскрипцию до плюс взаимодействия с промоутерами различные причем это мастер регулятор это как бы такой белок который регулирует много промоутеров одновременно то есть он имеет участке посадки посадки перед разными ген то есть вот он как бы регулировать тридцать один ген до
Speaker A
примерно 31 к нам иногда более вот значит идея заключается в следующем что на самом деле этот белок lexa это репрессор точно так же как есть у нас репрессор лото снова перо надо вы наверно знаете со школы он взаимодействует с днк и выключает
Speaker A
транскрипцию сложного перрона потому что он просто сидит на промотать на том месте куда у вас должна дымка примера заходит миром капли мира вот lexa работа точно таким же образом он репрессор единственное что он репрессирует какие гены он и пульсирует гены которые
Speaker A
отвечают за репараций у то есть это различные белки который входят различные репаративной системной репаративные системы br на рнр да не как правило контролируются алекса и кроме того алекса контролируется не на кодирующий четвертую и пятую днк полимеразу то есть
Speaker A
в норме на самом деле большинство этих генов отключена у бактерий есть бактерии имеется некий запас белков которые работают в репарации до в норме но евген и как бы они репрессирован и фактически супер сероватыми не работает в трансляции неги
Speaker A
и не идет но очень слабенькая вот значит когда у вас вилка реплика тивная остановилась да вот повреждение наехал на неё днк показал значит все здесь то полимеразы обычно пропускает участок с повреждением потом я расскажу как она это делает она
Speaker A
его пропускают и дальше обычно видят перескакивать через не но понятно что этот участок ты как бы ну это эквивалентно да там уж так ровно ничего не синтезировать то есть не надо что то делать да и чем больше таких 1 точных
Speaker A
участков у вас накапливается то есть она перед каждым повреждением останавливается и пропускает да и уезжая дальше допустим топ еще там еще еще в результате у вас как бы этот участок покрываться ssb белками потом приходит специальный комплекс который постепенно это создало
Speaker A
удаляет потому что но с бы бог от ожога с не бесконечное количество этот комплекс эрик for вот и он постепенно покрывается белком река и вот этот белок река когда его достаточно много он приводит к тому что взаимодействовать с белком лекса который
Speaker A
сидит на промоторы генов да и ингибируют и и приводит к тому что это плекса у вас сам себя разрезают пополам обратите внимание не река белок разрезает александра а он просто индуцирует сама разрушение этого блока алекса в результате у вас включается
Speaker A
все гены до которые отвечают за репараций они начинают и эффективно транскрибировать сюда в основном это конечно гены кричащая за как называл репараций усама важную систему до прокариотической клетки но и дальше включаются гены которые кодируют бнк полимеразы 4 эмоции у модели вместе
Speaker A
кагиров днк примеров звуков и то есть выглядит это вот следующим образом есть да так и бактериальных генов у вас везде здесь сидит репрессор lexa да под всеми этими генами которые кодируют разные системы репарации ну в том числе эту днк
Speaker A
полимеров , когда у вас здесь результативно вилка остановилась у вас собрался здесь река он раскусил весь lexa результате все эти промоутер освободились так или иначе да потому что но у лекса прав весь сожрал отпал от всех промотров и дальше вас
Speaker A
пошло значит вот синтез всех этих генах все заработало таким образом у нас синтезируется днк полимеразы 4 и 5 кстати для того чтобы 5 днк полимераза стала активно не нужно повторная взаимодействие с белком рек этот белок река приводит к тому что в днк полями
Speaker A
рази субъединица уму д разрезается тоже да сама себя расщепляет и превращается в так называемая модель штрих и вот этот вот комплекс сумму ds3 дважды и ума c он соответственно уже нормальный является полимераза и который осуществляет вот этот через блоковый через ну синтез
Speaker A
через повреждение то есть получается вот такая вот сложная система которая контролируется сос сигналом даты у вас одновременно включаются и гены и репарации одновременно включаются но они не одновременно включаются на самом деле там лесники контроль да очень чётко настроены то есть эти все
Speaker A
как их алекса там по-разному немножко связан с этими операторы вот значит что сказать про bim каплями росы 45 чем их особенностей начата не члены игрок семейства значит они имеют гораздо меньше контактов с матричной днк дата которыми сами говорили до которые
Speaker A
проверяют у нас соответствие комплементарности вот и гораздо меньше контакта с поступающим дэн т.п. у них активные центры скажем так устроены немного по-другому контактах там значительно меньше поэтому они могут размещать более объемные субстраты например такие как субстрат и с повреждениями различными и здесь вот у
Speaker A
вас показан на этой картинке на левой это у вас так полимераза до которое обладает точностью высокой до точностью при синтезе вот и мы видим что тут есть о спираль например да которая пишу сверху блокирует вот эти вот контакты тут есть контакт с
Speaker A
матричными данными показаны правда вот здесь например у вас никакого спирали нет и вы видите что тут в активном центре на днк полимеразы из игр и xi места могут размещаться какие-то не совсем обычные нуклеотиды вот на причастности это окисленный по восьмому положение угоне
Speaker A
например нормально власть такими центрами учетом не мешает вот кроме того днк полями розыгрыш семейства всегда имеют один характерный домен который называют мизинец помимо пальцев большого пальца еще домена мизинца и по-видимому этот мизинец обеспечивает взаимодействие с повреждением поврежденной матрицы да с
Speaker A
каким-то образом помогать и и позиционировать акте правильно вот то есть это такой характерный вот черта игры кс на мизинец а значит полимераза 4 она у нас эффективное точно обходит обычно от бухты в позиции and want гуанина если вы вспомните есть большое
Speaker A
кольцо есть маленькая в большом кольце у вас верхнее положение это шестое двойка этого 100 которая голос мина группа присоединена да вот то есть если у вас получатся со стороны малой бороздки докуда у вас торчит это аминогруппа во втором положении
Speaker A
произошла какая-то крупная модификация до было ни нато вот например auto 4 она очень легко можете справиться с такой вещью вот она также обладает высокой способностью создавать с дагером и считывания прошивки дал как я рассказывал про вот это вот за то что
Speaker A
прислали перевели вот интересно что днк полями раза 4 она применяется и как мука за в случае например как их те стрессов да то есть когда вам нужно создать некое разнообразие в популяции бактерий чтобы например получить какие-то новые мутации которые могут помочь выживанию
Speaker A
определенных бактерий на таре при стрессе каком-то вот та вот эта днк полями раза 4 обеспечивает основную как бы вот эту вот мутационная эффективность то есть получается что когда бактерии попадают с пресс они включают эту систему с репарации и у них начинает не
Speaker A
только исправляться повреждения но у них начинают и наноситься мутации даже в тех местах где все хорошо и в результате они получают гораздо более высокую скорость мутации чем если бы они не включили эту 4-ку полимеразу и таким образом когда у
Speaker A
вас там миллиарды миллиардов клеток до в этой популяции бактериальной есть какая-то возможность что какие-то из этих мутаций окажутся выгодными до и способствует у популяции все вздохом эти выживут только денег на как примет нужно хорошему процент вот значит активность
Speaker A
значит теперь 5 да вот эту модель дважды c она значит является основной полимеразы чаще всего прийти через повреждение на используется да то есть повреждение самые разные распознает она и значит грекова тут написано что он должен дополнительно расщепить вот эту модель
Speaker A
муж 3 то есть тут и то есть ну и я думаю что частные с этим кратко познакомимся и на этот закончен потому что нет смысла начинать как был большой раздел до иначе но все перепутаться вот днк полимеразы эукариот
Speaker A
это крайне интересная значит вещь на самом деле сейчас про них очень много и хорошо известно причем стало известно это буквально в последние годы когда появились методы позволяющие делать криво электронную микроскопию когда появились методы позволяющие делать так называемую покадровую съёмку работы
Speaker A
ферментов да и сейчас уже достаточно неплохо понятно зачем нужны те или иные полимеров если раньше было не очень понятно каждая конкретная зачем нужно прощаться уже более-менее функции выяснены активные центры исследованы и даже как бы понятно все работает итак
Speaker A
полимераза эукариот дают четыре семейства основных да это a b c 7 нет да это там где днк полимеров это ребенку прокариотическая x и y надпись тут у нас добавляется еще дополнительно x семейства вот которого у бактерий мы с
Speaker A
вами рассматривали а значит выглядят они вот следующим образом то есть они действительно по своей структуре отличается действительно делятся на семейства по структуре да то есть это вот например б семейства она имеет определенные черты про которые мы с вами поговорим играх
Speaker A
семейства как правило она имеет гораздо меньшие размеры гонка полимеразы у них есть дополнительные домены про которые мы с вами говорили на мизинец там а семейства ее к семейству то есть b семейства у нас в основном входят те полимеразы которые отвечают за
Speaker A
репликацию то есть точно это полимераза альфа на которой у нас содержит экземпляр сми домен полями разный домен и кроме того она содержит у нас еще и это как и вам правда этот экземпляр домен активирован и что поэтому как бы
Speaker A
она его формально им не пользуется но он не кроме того она содержится счетом 2 белка к for отвечает за синтез про мира вот значит полимераза гипсе она и полимераза дельта уже с вами познакомились с ними кратко да это те
Speaker A
которые отвечают за репликацию собственно что это за синтез параметр значит y семейства здесь у нас набор самых разных полями раз которые преодолевают разные повреждения ну например она умеет проходить сквозь тени новые димеры вот при этом лет не смущаясь
Speaker A
юта умеет много что и она умеет например делать названных куб хеннов и пары представьте когда у вас есть какое-то поврежденной азотистые основания у которого допустим модификации там окисление или мотивирования затронул этот интерфейс который у вас вот центре перстом взаимодействию над часть поэтому
Speaker A
когда у вас обычная полимераза приближается понятно что она не может ничего напротив поставить а вот и это может потому что на его поворачивает в sing информацию да не ваньке помните это из первой лекции когда у нас анти это повернута
Speaker A
наружу дасин это у нас как бы народ дезоксирибозой повёрнут вот она поворачивает симка информацию и water of cups терновский интерфейс который сбоку находится он становится доступным и таким образом она напротив получатся такие поврежденных азотистых оснований может поставить нормальные да и причем
Speaker A
сделать это по правилам практически отзывы хребта да потому что мы знаем что кубски носки-пары они очень похожи на но по-крайней мере некоторые да те которые прибыли в ступор они обратно обратно и там немножко можно не соблюдаться да вот в одном случае вот ну и вот мы
Speaker A
увидим есть такие всякие интересные щука по rif-1 значит а семейства она у нас включается днк полимеразу гамма которая будет участвовать у нас в репликация митохондриального генома вот и она у нас будет конечно же ближе всего стояли бактериальным доход своему
Speaker A
как грится этому гомологии да и x семейства куда у нас относятся разные полимеразы участвующие очень интересных процессов в том числе сюда же относятся и так называемая полимераза которая умеет делать не матричный синтез да то есть просто полимеризовать нуклеотиды
Speaker A
без матрицы просто соединяет случайном порядке до пули нуклеотид предаться и у нас еще отдельное семейство это прям пол это такая полимераза которая умеет делать денкова и затравку эта вершина представлено наши за мудрости наших лекций прям пол которая делать не пиронкова и затравки
Speaker A
днк и здесь есть таблицы которая это все обобщает вот дальше мы будем знакомиться с отдельными кусками этой таблице вот и думать о том как это все устроено вот да можно значит смотри видимо здесь это связано с чем то есть там есть разные точки зрения
Speaker A
на не больше всего импонирует то точка зрения что ssb белка в клетке ограниченное количество поэтому когда вот таких участков где у вас произошла либо остановка реплика тивной вилки рнк притащили к забежала вперед дан она раскрыла либо когда у вас днк полями
Speaker A
раза становилась немножко ушла вперед синтезировал новый праймер или инициировала и поехал даче что когда то вот таких участков накапливается очень много для intel их и по-видимому на них на всех это сбой просто не хватает уже через некоторое время
Speaker A
мы просто его же ограниченное количество не бесконечное множество правильно один омут я очень большой то есть я как бы количество ssb сильно меньше чем в принципе в геноме у тебя может быть футах да да нет когда у тебя образуется новый water
Speaker A
by native участок результате то что здесь этих повреждения днк примера за как бы через него перескочила и дальше продолжалась вот там вот как бы у тебя получается вот уже не хватать но река он вообще не альтернативные он на самом деле основной то есть как бы
Speaker A
они наравне работают то есть его тоже очень много в клетке он гам и в репарации игры комбинации учавствуют [музыка] [музыка] нет я заключается в чем у тебя обычно днк уложена в петле в домена меня куда то есть если этот домен у тебя
Speaker A
реплицируются в нем есть какое-то повреждение произошла остановка образовался да ничего участок здесь я например находится какой-то ген под контролем lexa так как петля на как будь я в пространстве они обычные но находится близко к друг другу то понятно что здесь
Speaker A
образовался филамент река сюда он в какой-то момент по взаимодействию с этим lexa этот лекса у тебя расщепил ся на этом про праматери отпал нет смотри смотри но это как бы это сейчас сейчас какое место статистической явлений дальше у тебя этот лекса
Speaker A
расщепил ся промотор освободился к нему пришел следующий lexan который свободно плаву про взаимодействовал снова произошло снова расщепилась и таким образом я получается что у тебя же всегда алексан он в неком равновесие у тебя есть фракция молекул связано с промоутерами и
Speaker A
кратко свободной доп нашлись константа диссоциации определенная да у тебя получается что ты как бы молекулу уничтожила да на ее место приходит новое и уничтожил от снова пришло новое уничтожила ноут я общая эта концентрация падает значит у тебя с других тот
Speaker A
промоутеров тоже отваливается начинают для того чтобы пополнить этот пул густых молекул то есть через некоторое время он у тебя просто перекид роет все эти молекулы сожрет и не не нужно дотягиваться до всех не с едиными не нужен лет достаточно для одного дотянуть
Speaker A
до нет они просто они образуют петли просто в пространстве все дотягиваются ну да да ну примерно но я думаю что на самом деле как бы не в каждой петле найдется какой-то не на просто эти повреждения они уже просто
Speaker A
через некоторое время они как часто начинают возникать что в каждой петле где есть этот ген найдется хотя бы одно повреждение то есть они так что каждый к избе [музыка]
Topics:репликация ДНКДНК-полимеразафрагменты Оказакипраймазахеликазарепликативная вилкаorigin репликацииDnaAмолекулярная биологияМФТИ
