YouTube Video — Transcript

Updates in Fungal Diagnosis and Treatment.

طبعا احنا هنقول في عجالة عشان الوقت ضيق في ال epidemiology of fungal infection.

بس أنا أحب أقول ال sub groups بتاعت الفنجال عشان وأنا ماشية هقول yeasts يعني عايزة أقول Candida spp, Cryptococcus spp. Moulds as Aspergillus spp, Fusarium spp, Scedosporium prolifcans, Mucor, Rhizopus, and Rhizomucor Absidia. Dimorphic fungi as Histoplasma capsulatum, Coccidioide simmitis, Blastomyces dermatitidis, Paracoccidioides spp, Sporothrix spp and Penicillium marneffii.

طيب مين ال most common fungal infection في ال pediatrics؟ Candida طبعا. وال Aspergillus و Mucorales اللي هي بتعمل ال mucormycosis.

طيب ال WHO عملت تصنيف حسب ال critical condition بتاعت ال invasive fungal infection على رأسهم Cryptococcus, ال Candida auris دي.

emerging resistant Candida nowadays لدرجة ان هما بيقفلوا مستشفيات لو لقوا في Candida auris في المستشفى.

مش عارفين يموتوها لا في العيان ولا برا العيان. طبعا ال Aspergillus.

في ال high group في ال Mucorales ودول بنشوفهم في الرعايات Tropicalis وال Paracoccidioides. ال medium group طبعا عارفين Pneumocystis.

طبعا Coronavirus (COVID-19) pandemic خلتنا نشوف ال fungal infection بطريقة يعني miserable. ال COVID سواء ال pre-existing syndrome او ال immunity deficiency ال secondary COVID infection خلت ال aspergillosis, mucormycosis, and candidaemia, were frequently reported, often with devastating consequences.

دي paper احنا كنا او رسالة عاملينها من 12 سنة ولا 15 سنة في الرعاية عندنا.

بس اوضح احنا كنا لقينا ايه عشان احنا بنقول احنا ما عندناش Aspergillus في ال non-neutropenic patients احنا عندنا Aspergillus في عيانين الرعاية عادي.

فلقينا Aspergillus ولقينا Candida parapsilosis ولقينا حاجات تانية و Cryptococcus لقينا حاجات كتير. اللي كان عامل الشغل ده حد الله يرحمها يعني حد very expert في ال clinical microbiology وهي كانت بتشتغلها بايديها يعني هي كانت بتطلع ال genus وال species بال morphology وال clinical expertise بتاعتها.

طبعا دلوقتي يعني ايه ال risk factors طبعا معروفة بعض ال infections زي ال HIV, ال malignancy, ال critically ill, ال NICU patient, transplant patient, العيانين المركبين مثلا CVP او prosthetic devices, ال long-term antibiotics, steroid therapy, immunity deficiency, بعض ال autoimmune diseases بتدي risk factors.

طب نشخص ازاي؟ طبعا احنا عارفين ان احنا عندنا مشكلة في التشخيص ونتمنى المحاضرة دي تفتح افاق يعني ايه ربنا يسهل.

ال European Organization for Research and Treatment of Cancer/Invasive Fungal Infections Cooperative Group (EORTC) and the Mycoses Study Group - Education & Research Consortium (MSG-ERC) established definitions incorporating the parameters of the diagnosis of fungal infections at a clinical level in 2002. The 3 levels of classification of Invasive Fungal Infection (IFI) diagnosis are proven, probable, and possible.

في 2019 قالوا قالوا ان ممكن الاقي fungal isolate في عيان immunocompromised or not مش لازم يكون immunocompromised. لكن عشان اقول حد عنده fungal infection في عيان non-immunocompromised لازم يبقى عندي risk factors او عندي microbiological lab طالع.

طيب ال proven IFI لازم يبقى ايه عندي histopathological or culture methods from sterile sites يعني ايه sterile sites؟ ال blood is a sterile site, ال CSF is a sterile site, لو خدت pleural aspirate is a sterile site. لكن لو خدت BAL is it sterile? No. لو خدت طبعا endotracheal aspirate طبعا مش هينفع خالص. في ناس بتقول urine is sterile بس انا ما لقيتش الكلام ده فما خدتوش يعني ال urine sterile دي صعبة عليا شوية.

مش عاجبني الكلام ده مش عارفة مش عاجبني آراء بقى.

ال طبعا انا هقسم ال هو هو مش عاجبني.

طيب ال probable بقى اللي هقول العيان مش عنده مش عامله له biopsy او مش مش عامله له culture من مثلا CSF او blood فده هقول ايه ده probable for fungal او possible ممكن يكون عنده fungal فبحكم ب 3 variables هو patient at risk ولا لأ؟ طب عنده مثلا tracheobronchitis, عنده fungal pneumonia, عنده sinonasal infection, ال CT chest ساعات ال expertise بتقول ده Aspergillus, Aspergillus بس دي عنده clinical signs او عنده واحد عنده mycological evidence عنده مثلا GM positive, galactomannan positive فده ايه يعتبر possible.

فأنا لو عندي ال 3 factors دي في عيان واحد فده probably he has fungal infection حتى لو مش عنده culture. طيب امتى اقول possible لو محقق اتنين يعني واحد عنده at risk وعنده tracheobronchitis, he is possibly عنده fungal وممكن ابتدي empirically. He is possibly has fungal infection. طيب ال fungal culture قلنا دي عايزة expertise وعايزة وقت طبعا طويل انا بسحب fungal culture وعارفة انها مش هتطلع يعني انا ما بسألش عليها لأنه يا العيان هيموت قبل ما ال fungal culture تطلع يا اما هيدخل قبل ما ال fungal culture تطلع فما it's a good culture standard ولو سحبت من sterile sample يعني sterile sample it's ايه خلاص يعني proven diagnosis.

ممكن يحصل contamination عشان كده احنا ما عندناش في ابو الريش معمل ال مزرعة فيه fungal وقالولي مش اسرعيني جابوا اوضة for fungal cultures بس حتى الان هي under list يعني مفيش equipment فيها فبأفقدها عشان كده احنا ما بنزرعش في ابو الريش fungal وما بنلاقيش. طبعا low sensitivity and specificity. However, it provides a proven diagnosis, and it can lead to susceptibility tests and identification at species level. For this, sterile liquids, such as blood, and/ or cerebrospinal fluid are collected. When the growth of the microorganism in cultures in these fluids is possible, the diagnosis is proven. On the other hand, when using non-sterile fluids, like bronchoalveolar fluid, commensalism and/or environmental contamination needs to be considered.

ال European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases / Fungal Infection Study Group ESCMID/FISG guideline recommends collection of three blood samples with a minimum volume of 2 ml each in children with a bodyweight <2 kg and 6 ml each between 2 and 12 kg to ensure a 50-75% sensitivity to detect Candida. Blood cultures are further limited by slow turn-around time and are negative in deep seated Candida infections including hepatosplenic candidiasis.

طيب احنا عرفنا ان هي هتاخد فترة طويلة طب انا دلوقتي عملت isolation و amplification لل organism مين ده؟ اعرف منين which fungal؟ ففي expertise بتجيبها بال morphology طيب ما بقاش في دلوقتي حد بيعمل كده.

بنعرف نجيبها ازاي؟ خلاص دول ال expertise. عندنا في ابو الريش ال VITEK بس not for Aspergillus ومش لل Candida اللي هي not common فال VITEK مش بنستخدمه لل fungal infection.

طب ال MALDI-TOF؟ ال MALDI-TOF عندنا في ابو الريش it's good for fungi بس برضه مش لل Aspergillus. هي Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization - Time of Flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). انتوا عارفين عندنا MALDI-TOF صح؟ عندنا في الياباني MALDI-TOF بس طبعا عشان احنا مش بنطلع fungal isolate من ال culture ما بنشتغلش بيها. دي بتبقى بتشوف ال fingerprints of extracted proteins, mainly ribosomal and membrane proteins. MALDI-TOF MS is now commonly used as a first-line identification method for common yeasts. MALDI-TOF MS has proven to be quite effective for the identification of many yeasts, including Candida, Cryptococcus, Rhodotorula, and Saccharomyces species. احنا بس احنا بنقول كده عشان لو المعمل مش عمل له شغل احنا بقى ايه بعد المحاضرة انتوا عندكم MALDI-TOF معلش. هي بتقدر to identify many yeasts زي Candida. بس في ال Aspergillus محتاجة special media وما بيقدروش identify ال Aspergillus. طبعا هي fast وبتطلع antifungal susceptibility detection. لكن مش هتنفع في ال Aspergillus. It is not for quantification يعني ايه quantification؟ يعني انا severe infection, mild infection, moderate infection مش هتقولي انا severe ولا mild ولا ولا moderate مش هتقدر تقولها.

طب نعمل ايه تاني؟ احنا كل ده في مرحلة ال culture وعايزة identify ال organism. ممكن استخدم ال PCR methods بعد ما اعمل isolation او ممكن استخدمه. في حاجة اسمها DNA sequencing دي بتقعد حوالي خمس ايام ليها ليها يعني ليها pros and cons. هي طبعا ال lack of commercial availability وال cost limited by the cost. Limited by database يعني ممكن اطلع ال sequence بتاع ال organism بتاع ال DNA المفروض انا اقارنه ب chart نطلع يعني اعمل sequence دي يبقى انا فلاني. ممكن ما اطلع ال sequence وما الاقيش في ال database اللي عندي مين ده؟ فهي مش كل حاجة هتقدر identify هي دي مشكلة ال DNA sequencing ان انا identify organism. طب احنا دلوقتي خلصنا ال fungal culture.

نخش بقى على الحاجات ال serology والحاجات اللي ممكن تبقى possible او او probable. ال serological methodologies كلنا عارفينها. زي ايه يا جماعة؟ ال برضه ال Beta-(1,3)-D-glucan assay مش معروف ولكنه موجود في بعض المعامل عندنا هو غالي. ده panfungal marker يعني يطلع اي fungus بس مش هيقولي انا انا yeast ولا Aspergillus ومش هيقول انا ايه. ده panfungal antigen found in many organisms. يعتبر غالي عندنا. مش هيقولي انا ايه. بس برضه عيبه انه في ال mucorales و Cryptococcus ممكن ما ما ايه ما يجيبهاش.

طب ال mannan antigen and anti-mannan antibody detection لل Candida احنا عارفينه. ال Aspergillus galactomannan احنا اول ما يجي عيان positive GM بنقول خلاص Aspergillus. Which is wrong. انا عمري ما هشخص ب one.

one evidence. Except لو culture لو واخدة biopsy وطالع isolate غير كده انا ما اقدرش اقول galactomannan positive I am Aspergillus ما ينفعش. طيب وال galactomannan يعني for Aspergillus ممكن يطلع حاجة تانية بس هو mainly for Aspergillus. FDA-approved assay for the detection of Aspergillus GM using both serum and bronchoalveolar lavage (BAL) specimens; additional specimen types, such as CSF, have also been used in clinical practice.

طيب ممكن بقى في حاجات تانية بقى ال cryptococcal antigen والحاجات دي antigen detection هي عندنا وال histoplasma antigen detection.

طيب ايه ال pros and cons؟ ال Beta-D-glucan اهو ده ايه panfungal. ال sensitivity بتاعته مشكلته ممكن يطلع ايه false positive وافتكر عندي fungus وما تبقاش عندي fungus. وما عنديش cutoff point. ال mannan برضه ال sensitivity بتاعته في ال برضه ممكن يطلع false positive وما عنديش cutoff value unclear ومش في كل ال species هيطلع بنفس الارقام. ال PCR ال sensitivity طبعا بتاعته عالية. لو انا استخدمته too early هيطلع less sensitive. ال galactomannan اهو في ال serum اعلى من ال sensitivity اعلى من ال اوطى من ال BAL, ال BAL احسن. وال specificity مش وحشة بس ممكن يطلع false positive يعني كلهم يطلعوا false positive. فهل انا يطلع ال GM positive يبقى انا يبقى انا Aspergillus؟ لا ما ينفعش. ممكن ا combine مع CT finding ممكن.

ممكن اعمله serial هم بيعملوا serial. بيعملوه serial عشان follow up ايه ال drugs او حاجة زي كده فحلو ان انا.

ايه ده خلصت؟ كده خلصت. لا دي كتير. طب اخلص ال PCR وخلاص. طيب okay.

انا المحاضرة طويلة وبقالي ربع ساعة. طب خلاص. طب ال PCR عشان ال PCR ممكن استخدمه عشان بس عشان لما نيجي نخاطب المعمل. ال PCR ممكن استخدمه directly على العينة او ممكن على ال culture. يعني ممكن اخد sputum واشتغل عليه او BAL واشتغل عليه directly من غير culture او ممكن يكون عينة او ممكن حاجة formalin او في حاجة swabs اشتغل عليها على طول بال PCR مش لازم ازرعه. فdirectly use وطبعا short turn-around time معروفة. مش لازم بقى الحاجات دي.

في حاجة اسمها panfungal عشان برضه عارفين في حاجة اسمها panfungal يعني يعني ممكن اعمل amplification لأي fungal. Panfungal. انا سألت عليه بيتعمل عندنا قال لي for research موجود بس موجود for research يعني مش مفتوح لينا. ده universal fungal primer. انا لو عملت identification عرفت ان عندي fungus. Identify ازاي؟ لازم اعمل حاجة تانية بعديه يا اما اعمل sequencing بعديه يا اما اعمل other methods. لكن احنا عندنا panfungal تحت research مش مفتوح لينا. بس ده ميزته ان هو لو انا عملت انتوا عارفين في حاجة اسمها BioFire او او في panels زي ال BioFire. في multiplex for fungal. ال multiplex for fungal ممكن تبقى عدد محدود من ال fungi ومش هيجيب كله. فممكن يقولك اه خلاص ال multiplex هيطلعلي في ساعة ما عنديش ما عنديش ما عنديش. طب ما ممكن miss diagnosis one.

فال panfungal حلو ان هو مش miss diagnosis بس هضطر استخدم طريقة تاني to identify. ال multiplex. ميزته ان هو هيطلعلي في ساعة بس ال panels دي موجودة في 57 موجودة بس ايه غالية ومش موجودة في ايه في كل حتة. يبقى احنا عرفنا ان في panfungal ولازم بعديها اعمل في multiplex. دي بتبقى في حوالي ساعة. دي بتعمل quantification يعني ممكن تقولي ال severe احنا بنشوف quantification في ال BioFire بتطلع لنا. في syndromic multiplex يعني ممكن يطلعلي bacteria ممكن يطلعلي fungi يطلعلي كذا حاجة في نفس ال panel بيسموها syndromic multiplex. زي عندنا مثلا ال CSF panel بيطلع لنا Cryptococcus. فطبعا multiplex حاجة حلوة يعني. طيب دي بعض ال panels الموجودة بس ما اعتقدش ايه الله اعلم موجود في مصر ولا لأ. بتطلع برضه anti-fungal resistance. طيب يبقى في conventional و real-time PCR اللي بنعمل فيها amplification او او panfungal PCR بعمل فيها amplification بعد كده المفروض اتعرف على ال organism by sequencing or other methods. ال multiplex طبعا بيطلعلي بيعمل اتنين ال multiplex panel بي amplify و identify في automated platforms. هو حلو؟ حلو بس مش هيطلعلي كل ال organisms. انا اكتفي كده عشان المحاضرة طويلة.